En 1840, Esprit Requien fait don au Musée de son immense herbier et de ses collections de roches, de fossiles et de coquillages. Depuis cette date, ces différentes sections se sont enrichies et une importante collection de zoologie a été constituée.

A ce jour, les collections contiennent environ 400.000 échantillons de botanique, 416.150 de géologie, 1.077 de vertébrés et 45.300 d'invertébrés, ce qui place musée à la 5ème place des musées d'histoire naturelle de province.